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佛慈制藥研究院歷年來承擔重大項目若干，其中包括甘肅省科技專項、甘肅省中醫藥管理局科研立項課題、國家戰略性新興產業項目、省重大科技項目、國家“十二五”科技重大專項、蘭州市人才創新項目等。
| 2018年至2020年，承擔蘭州市重點人才項目“中藥經典名方關鍵技術研究創新人才隊伍建設”，促進中藥經典名方制劑的開發，推進中醫藥人才隊伍建設，促進產業發展。 |
| 2019年至2020年承擔并完成國家藥典委員會中藥標準提升項目——桂附地黃丸質量標準提升工作。 |
| 2019年，完成隴馬陸、竹葉椒、竹葉柴胡、筆管草、人參須、動物大腸6個品種甘肅省中藏藥材質量標準研究制定工作。 |
| 2018年承擔甘肅省中醫藥管理局項目，通過中藥配方顆粒開發項目，公司被甘肅省衛生和計劃生育委員會、甘肅省食品藥品監督管理局、甘肅省工業和信息化委員會認定為甘肅省首批中藥配方顆粒科研項目單位。 |
| 2016年至2019年國家發展改革委辦公廳新興產業重大工程包中藥標準化項目“大黃等6種中藥飲片標準化建設”項目，制定相關標準86項。 |
| 2015年至2018年，完成省重大科技項目“疏乳消塊膠囊的開發”，取得臨床研究批件。 |
| 2014年至2017年，完成省中醫藥管理局科研專項“中藥經典名方配方顆粒劑的研究與開發”，充分利用隴藥資源，提高隴藥產品附加值與創新發展。 |
| 2013年至2015年，完成省重大科技項目“優勢特色隴藥柴胡規范化種植基地建設”，推動產業健康發展。 |
| 2011年至2015年，完成國家“十二五”科技支撐項目“當歸規范化種植基地優化升級及系列產品開發”，促進了佛慈當歸藥源基地標準化建設與基地優化升級。 |
| 2011年至2015年，完成發改委戰略性新興產業項目“現代中藥新藥舒肝消積丸、花百膠囊高新技術產業化示范工程”，促進了產品產業化轉化與規范化生產，提高了市場競爭力。 |
| 2010年至2013年，完成省重大科技項目“益氣通痹膠囊新藥開發”，獲得SFDA新藥臨床批件。 |
| 2010年至2012年，完成省重大科技項目“補腎名方蓯黃補腎丸二次開發”，促進了老產品的二次開發與技術提升。 |
| 2010年至2012年，商務部中華老字號扶助專項“佛慈品牌創新與提升、傳統技藝保護和技術改造”通過驗收，該項目更好地促進了企業品牌文化建設與產品生產技術的提升。 |
| 2009年至2012年，完成省工信委技術創新項目“中藥新藥益氣通痹膠囊臨床前研究”，取得新藥臨床研究批件。 |
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